再下請負通知書で建設国保を選択した場合、書類上では「適用除外」にマルが付きます。
こちらは、仕様上問題ございません。
国土交通省より、下記資料が展開されており、『「事業所整理記号等」欄に記載する全事業所の「健康保険」欄が「○○建設国保」となるか、上段が「○○建設国保」で、下段が「同上」となる場合」』については、適用除外で問題ないと記載されています。
詳しくは下記をご確認ください。
>健保適用除外承認手続きにより、適法に「建設国保」と「厚生年金」に加入する事業所の「施工体制台帳」等への記載方法について
https://www.mlit.go.jp/common/001101928.pdf